Los participantes han sabido, por ejemplo, que la ermita era lugar habitual de enterramiento de niños no bautizados. También fue cuartel de los franceses durante la guerra de la Convención y ha sido sanatorio y casa seroral en diferentes épocas.
En el interior del museo se halla un espacio recuperado donde el visitante puede conocer la historia de Azkoitia. Los importantes hallazgos arquológicos de la zona permiten mostrar al visitante la evolución de los pobladores de estos entornos.